Опытный агент Фил Колсон должен выполнить очередную важную миссию. Для этого он вновь возвращается в тайную организацию Щ. И. Т. И приступает к раскрытию необычных преступлений. Фил создает собственную команду, в которую входят профессионалы своего дела. Теперь им нужно приложить максимум усилий, чтобы ликвидировать преступную организацию под названием «Наступающая волна». Помимо злоумышленников этой организации Колсону и команде приходится бороться с внезапно появившимися сверхлюдями. Они вполне свободно передвигаются по улицам Нью-Йорка и держат в страхе всех жителей…